对于GoSemSim，用法： 安装：

> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

+ BiocManager::install()

> library(GOSemSim)

2：下载数据库，以酵母菌举例 直接下载或者下载压缩包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("org.Sc.sgd.db")

或者下载org.Sc.sgd.db_3.10.0.tar.gz

3：使用数据库

d<-godata('org.Sc.sgd.db',ont="MF",computeIC=FALSE)

出现1 preparing gene to GO mapping data... 就是OK了

一旦我们有了data，我们就可以通过godata函数来构建GOSemSim所需的注释数据。

4：比较两个基因簇

> cluster1<-c("835","5261","241","994")

> cluster2<-c("307","308","317","321","506","540","378","388","396")

> clusterSim(cluster1,cluster2,semData=d,measure="Wang")

5：比较两个

goSim函数计算两个GO terms之间的语义相似度，mgoSim函数计算两组GO terms之间的语义相似度。

给定两个基因，该函数计算它们之间的语义相似度，并返回它们之间的语义相似度和相应的GO语义相似度

geneSim("241

", "251", semData=d, measure="Wang")

6：如果想获取蛋白质的GOID 那么就要用到使用gold_yeast数据